网站的目录是指你建立网站时所创建的目录，目录结构则主要是指物理结构和逻辑结构这两种。

具体的说，网站物理结构指的是网站目录及所包含文件所存储的真实位置所表现出来的结构。对于小型网站来说，所有网页都存在网站根目录下的扁平式结构，这种单一的目录的扁平结构对搜索引擎而言是最为理想的，因为只要一次访问即可遍历。但是如果太多文件都放在根目录下的话，维护起来就显得相当麻烦；而对规模大一些的网站，往往需要二到三层甚至更多层级子目录才能保证文件内容页的正常存储，这种多层级目录也叫做树型结构，即根目录下再细分成多个频道或目录，然后在每一个目录下面再存储属于这个目录的终极内容网页，这样的好处是维护容易，但是搜索引擎的抓取将会显得困难些。

与网站的物理结构不同，网站的逻辑结构也叫链接结构，主要是指由网页内部链接所形成的逻辑结构或者叫链接的结构。这在现在的一部分CMS建站系统（即：内容管理系统）中已经可以实现文件虽然存在不同的物理结构目录之中，但是访问的链接的目录层级只需要一层即可转向访问。